حرم شریف محدوده‌ ای است در گوشه شرقی بیت المقدس که مسجد الاقصی و قبة الصخره در آن قرار دارند. آنچه را که امروز مسجدالاقصی می‌خوانند در ناحیه جنوبی حرم قرار دارد. به بقیه حرم نیز صحن مسجدالاقصی گفته می‌شود.  مورخان قدیم هم هنگامی که از مسجدالاقصی نام می‌برند، مقصود اکثر آنها تمام حرم است.

مسجدالاقصی برخلاف زمین شهر، زمینی هموار و مسطح دارد. چهار طرف آن را دیوار کشیده‌اند و مقامها، محرابها و قبه‌های بسیاری در آن وجود دارد که بسیاری از آنها منتسب به پیامبران است. ارتفاع حرم نسبت به اطراف آن بیشتر است و گفته می شود این بلندی بر قله کوه "موریا" در شهر قدیمی قدس قرار داشت و سلیمان قله را مسطح کرد .

سنگ بنای اولیه آنچه در وسط حرم قرار دارد و امروزه قبة ‌الصخره نامیده می‌شود در دوره عبدالملک خلیفه اموی گذاشته شده است. این چنین که عبدالله بن زبیر که علاقه داشت خلیفه شود بر حجاز مسلط شد. چندی گذشت عبدالملک مردم شام را از حج بازداشت. به فکر این افتاد که موقتا جایگزینی برای حج درست کند و این حدیث نبوی را برایشان خواند که «لاتشد الرحال الا تلاثه مساجد، المسجدالاحرام، و هذا مسجدی و المسجد الاقصی». سپس قبه ‌ای بالای صخره روی یک هشت ضلعی درست کرد که اینک از آن قبة الصخره یاد می شود.

فاصله مسجدالاقصی و قبة الصخره حدود 150 متر است.  حرم شریف شامل مسجدالاقصی، قبة الصخره با گنبد طلایی، صحن‌ها و ساختمانهای پیرامون آن به مساحت 14 هکتار می رسد و 14 دروازه از جمله درهای اسباط،حطه، شرف‌الانبیا، ناظر، نو، قطانین، مطهره، سلسله، مغربیان و دروازه طلایی، اتاق‌های متعدد، 8 چاه در صحن قبة الصخره و 17 چاه در حیاط مسجد الاقصی و جمعاً 4 گلدسته از جمله آثار این بخش است.  گفته می شود که مسجدالاقصی از روزهای آغازین زمین و از زمان خلقت آدم بنا شده است و قدمتی بسیار طولانی دارد.

 صهیونیستها از همان آغاز این افسانه را ترویج کردند که مسجد بر روی معبد قدیمی یهودی موسوم به " هیکل سلیمان" ساخته شده است و از این رو گروهی از صهیونیستهای افراطی اعلام کردند که برای بازسازی هیکل سلیمان باید مسجدالاقصی ویران شود. از این رو طی 40 سال که از اشغال قدس می گذرد تلاشهایی مبنی بر تخریب مسجدالاقصی و نصب هیکل موهوم در حال انجام است

.